Опус достаточно объемный получился и соответственно много мыслей.
Первое, что пришло в голову- это адаптация состава смеси на холостом ходу (80 единиц) - должно быть 128, причина - бедная смесь, одновременно с этим адаптация на режиме средних нагрузок 125 единиц (практически идеал), посмотри внешний подсос воздуха во впускной коллектор (больное место на этих движках сама прокладка коллектора, точнее со временем ведет коллектор и в районе 2 и 3 цилиндра идет подсос).